肽-载体蛋白偶联多用于制备抗多肽类抗体，单独的多肽通常太小不足以激起充分的免疫反应，而带有很多抗原表位的载体蛋白有利于刺激辅助性T细胞，进一步诱导B细胞免疫反应。
请记住，免疫系统是将肽-蛋白作为一个整体来激起免疫反应的，因而产生的抗体中有针对多肽的，有针对链接剂的，也有针对载体蛋白的。其中最常见的载体蛋白有如下几种:
- KLH (Keyhole Limpet Hemocyanin)，即血蓝蛋白，是在某些软体动物、节肢动物(蜘蛛和甲壳虫)的血淋巴中发现的一种游离的蓝色呼吸色素。血蓝蛋白含两个直接连接多肽链的铜离子，与含铁的血红蛋白类似，它易于氧结合，也易与氧解离，是已知的惟一可与氧可逆结合的铜蛋白，氧化时呈青绿色，还原时呈白色。其分子量45０ ０00～１30 000。由于KLH比BSA有更高的免疫原性，因而是最常被选用的载体蛋白。
- BSA (Bovine Serum Albumin)，即牛血清白蛋白，属于最稳定的和可溶的白蛋白。其分子量为67 x 103 Da （含有59个Lys）。大约有30-35个主要氨基可用于与链接剂发生共轭反应, 使得BSA成为一种很流行的弱抗原化合物载体蛋白。
BSA的不利之处在于在很多实验中，它被当作封闭剂使用，如果多肽-BSA偶联物的抗血清用于这样的检测分析中，通常会出现假阳性，因为这些血清含有抗BSA的抗体。
- OVA (Ovalbumin)，即鸡卵白蛋白，分子量为45 x 103 Da。它可作为第二载体蛋白去验证抗体是否特异性地只针对多肽而并非载体蛋白(如BSA)。
- 巯基修饰(通过Cys的侧链)用于与KLH、BSA或OVA发生共轭反应
